Σε δεύτερη φάση όμως θα λειτουργήσουν συνολικά 33 υδατοδρόμια σε ολόκληρη τη χώρα, εκ των οποίων με βάση τον σχεδιασμό τα 20 στην Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου, αλλάζοντας τον συγκοινωνιακό χάρτη και την εξυπηρέτηση των νησιωτών αλλά και των επισκεπτών τους.
Αξίζει να σημειωθεί πως σχεδιάζεται η λειτουργία 11 υδατοδρομίων στα Δωδεκάνησα και 9 στις Κυκλάδες. Η Ρόδος θα διαθέτει 2 υδατοδρόμια ενώ υδατοδρόμια θα λειτουργήσουν επίσης σε Χάλκη, Σύμη, Τήλο, Κάρπαθο, Καστελλόριζο, Αγαθονήσι, Νίσυρο, Αστυπάλαια, Κάσο και στις Κυκλάδες σε Μύκονο, Σαντορίνη, Κύθνο, Κέα, Άνδρο, Σίκινο, Σέριφο, Δονούσα και Ανάφη.
Τα υδροπλάνα, δοκιμασμένα εδώ και δεκαετίες σε πολλές ξένες χώρες μπορούν να αποτελέσουν και στην Ελλάδα μια αξιόπιστη λύση ως επιπλέον συγκοινωνιακή επιλογή. Ας μην ξεχνάμε ότι στη Ρόδο την περίοδο της ιταλοκρατίας, εκτελούσαν πτήσεις και μάλιστα με μεγάλη επιτυχία, υδροπλάνα.
Η εκ νέου δρομολόγηση, θα αποτελέσει λύση ειδικά τους χειμερινούς μήνες, για τα μικρά νησιά, που δεν διαθέτουν χερσαίο αεροδρόμιο προσδίδοντας μια επιπλέον ασφάλεια στους κατοίκους τους.
Επιπλέον, στη διάρκεια της τουριστικής περιόδου θα διευρύνουν τις επιλογές των δυνητικών επισκεπτών με ένα λογικό κόστος εισιτηρίου.